Нео, мстя за разрушение машинами Зиона и гибель Морфеуса с Тринити, сквозь миллиарды врагов прорывается к Главному Компьютеру и устраивает мега-взрыв, после которого погибает вместе с серверами матрицы. Отключаются капсулы с людьми, замирают и падают машины, перед зрителем открывается погибшая и пустынная планета. Далее — свет и Нео, целый и невредимый, оказывается в красном кресле Морфеуса в абсолютно белом пространстве и видит перед собой Архитектора. Тот говорит, что восхищен силой человеческой любви, на которую машины неспособны и что Нео единственный из всех "Избранных", кто смог зайти так далеко.
 Когда Нео спрашивает, где он? Архитектор отвечает: да все там же, в матрице. Поскольку совершенство матрицы заключается в том числе и в том, что она не допускает, чтобы непредвиденные события нанесли ей хоть малейший ущерб. И сейчас они в нулевой точке после перезагрузки матрицы. В самом начале её версии 7.0.
 Нео, ясен пень офигевает, типа, я же только что уничтожил Главный Компьютер! Всё! Абзац! Нет матрицы! И человечества нет!
 Бугага, ржет Архитектор, дело в том, что Зион — это тоже матрица. Иллюзия свободы для утилизации буйных и несогласных. Фальшивый выбор для беспокойных голов, которым вечно не сидится спокойно. Виртуальность внутри виртуальности. И Зион, и война с машинами, и агент Смит, и сам Нео — всё это было придумано Архитектором изначально и является не более чем симулякром. Войны на самом деле не было и все, кто якобы "погиб" в Зионе, боролся с машинами и сражался внутри матрицы, продолжают лежать в своих капсулах в розовом сиропе. Они живы и ждут новой перезагрузки системы, чтобы начать в ней жить, бороться и освобождаться. И в этой новой версии Нео будет отведена всё та же роль — вдохновлять людей на борьбу, которой нет. Ни один человек, смеется Архитектор, никогда не покидал пределов матрицы с момента её существования. Ни один человек никогда не умирал иначе чем по нашему плану. Люди — рабы и это никогда не изменится.
 Далее, чтобы позабавиться видом шокированного Нео, Архитектор показывает ему его "погибших" товарищей, лежащих в капсулах в разных местах. Затем звучит будильник и Нео просыпается.